data_D2Y
#

_chem_comp.id                                   D2Y
_chem_comp.name                                 "methyl 2-acetamido-4-O-{2-acetamido-4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-2-deoxy-beta-D-mannopyranosyl}-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside"
_chem_comp.type                                 non-polymer
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C20 H32 N2 O13"
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_chem_comp.pdbx_initial_date                    2021-11-24
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_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       508.474
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    D2Y
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_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       7SV3
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_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
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_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
D2Y  C4   C1   C  0  1  N  N  S   -9.514  -13.248  15.092   3.431  -0.280   0.389  C4   D2Y   1  
D2Y  C5   C2   C  0  1  N  N  R   -8.262  -13.246  14.246   2.314   0.552   1.032  C5   D2Y   2  
D2Y  C6   C3   C  0  1  N  N  N   -7.532  -11.928  14.462   2.739   2.021   1.024  C6   D2Y   3  
D2Y  C7   C4   C  0  1  N  N  N   -8.868  -16.700  17.529   1.059  -2.082  -2.657  C7   D2Y   4  
D2Y  C8   C5   C  0  1  N  N  N   -8.296  -16.436  18.916   1.249  -1.722  -4.108  C8   D2Y   5  
D2Y  N2   N1   N  0  1  N  N  N   -8.813  -15.647  16.692   1.882  -1.566  -1.722  N2   D2Y   6  
D2Y  C3   C6   C  0  1  N  N  R  -10.231  -14.582  14.979   3.028  -1.754   0.433  C3   D2Y   7  
D2Y  O7   O1   O  0  1  N  N  N   -9.346  -17.798  17.250   0.167  -2.836  -2.331  O7   D2Y   8  
D2Y  C2   C7   C  0  1  N  N  S   -9.260  -15.715  15.292   1.697  -1.916  -0.311  C2   D2Y   9  
D2Y  O3   O2   O  0  1  N  N  N  -11.345  -14.620  15.897   4.034  -2.545  -0.204  O3   D2Y  10  
D2Y  O4   O3   O  0  1  N  N  N  -10.353  -12.195  14.618   4.640  -0.053   1.113  O4   D2Y  11  
D2Y  CAO  C8   C  0  1  N  N  S   -9.723  -10.904  14.814   5.038   1.322   1.125  CAO  D2Y  12  
D2Y  CAQ  C9   C  0  1  N  N  N  -10.579   -9.826  14.147   6.311   1.475   1.960  CAQ  D2Y  13  
D2Y  CAP  C10  C  0  1  N  N  N   -9.615  -10.600  16.325   5.309   1.776  -0.287  CAP  D2Y  14  
D2Y  OAS  O4   O  0  1  N  N  N  -10.544  -11.033  17.032   5.794   3.006  -0.515  OAS  D2Y  15  
D2Y  OAR  O5   O  0  1  N  N  N   -8.617   -9.989  16.756   5.089   1.031  -1.213  OAR  D2Y  16  
D2Y  O6   O6   O  0  1  N  N  N   -8.437  -10.895  14.151   4.003   2.128   1.691  O6   D2Y  17  
D2Y  O5   O7   O  0  1  N  N  N   -7.403  -14.329  14.630   1.110   0.359   0.293  O5   D2Y  18  
D2Y  C1   C11  C  0  1  N  N  S   -8.015  -15.602  14.431   0.645  -0.994   0.308  C1   D2Y  19  
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D2Y  CAZ  C12  C  0  1  N  N  S   -6.247  -17.247  14.022  -1.690  -0.468   0.191  CAZ  D2Y  21  
D2Y  CAY  C13  C  0  1  N  N  R   -4.882  -16.553  13.970  -2.527   0.267  -0.860  CAY  D2Y  22  
D2Y  OBA  O9   O  0  1  N  N  N   -5.002  -15.273  13.358  -1.750   1.316  -1.442  OBA  D2Y  23  
D2Y  CAU  C14  C  0  1  N  N  R   -5.988  -18.619  14.588  -2.555  -1.539   0.862  CAU  D2Y  24  
D2Y  CBB  C15  C  0  1  N  N  N   -7.298  -19.315  14.984  -1.743  -2.238   1.955  CBB  D2Y  25  
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D2Y  OBD  O12  O  0  1  N  N  N   -3.202  -19.625  12.536  -5.680   0.292   1.181  OBD  D2Y  29  
D2Y  CBI  C17  C  0  1  N  N  N   -2.892  -20.949  13.022  -6.545  -0.685   1.764  CBI  D2Y  30  
D2Y  CAX  C18  C  0  1  N  N  R   -3.818  -17.398  13.211  -3.768   0.861  -0.185  CAX  D2Y  31  
D2Y  NBE  N2   N  0  1  N  N  N   -2.464  -16.994  13.644  -4.614   1.503  -1.193  NBE  D2Y  32  
D2Y  CBF  C19  C  0  1  N  N  N   -1.570  -16.397  12.841  -5.459   2.490  -0.834  CBF  D2Y  33  
D2Y  OBH  O13  O  0  1  N  N  N   -1.774  -16.096  11.670  -5.519   2.846   0.324  OBH  D2Y  34  
D2Y  CBG  C20  C  0  1  N  N  N   -0.221  -16.084  13.501  -6.330   3.151  -1.872  CBG  D2Y  35  
D2Y  H1   H1   H  0  1  N  N  N   -9.240  -13.075  16.143   3.564   0.030  -0.647  H1   D2Y  36  
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D2Y  H15  H15  H  0  1  N  N  N  -10.372  -10.825  17.943   5.952   3.252  -1.437  H15  D2Y  50  
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D2Y  H27  H27  H  0  1  N  N  N   -3.825  -21.479  13.263  -5.988  -1.274   2.492  H27  D2Y  62  
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D2Y  H29  H29  H  0  1  N  N  N   -2.199  -17.176  14.591  -4.566   1.219  -2.119  H29  D2Y  64  
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D2Y  H32  H32  H  0  1  N  N  N    0.246  -17.020  13.842  -6.102   4.216  -1.911  H32  D2Y  67  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
D2Y  OBH  CBF  DOUB  N  N   1  
D2Y  OBD  CBI  SING  N  N   2  
D2Y  OBD  CAW  SING  N  N   3  
D2Y  CBF  CBG  SING  N  N   4  
D2Y  CBF  NBE  SING  N  N   5  
D2Y  CAX  CAW  SING  N  N   6  
D2Y  CAX  NBE  SING  N  N   7  
D2Y  CAX  CAY  SING  N  N   8  
D2Y  OBA  CAY  SING  N  N   9  
D2Y  CAW  OAV  SING  N  N  10  
D2Y  OAV  CAU  SING  N  N  11  
D2Y  CAY  CAZ  SING  N  N  12  
D2Y  OBC  CBB  SING  N  N  13  
D2Y  CAZ  CAU  SING  N  N  14  
D2Y  CAZ  O1   SING  N  N  15  
D2Y  CAQ  CAO  SING  N  N  16  
D2Y  O6   C6   SING  N  N  17  
D2Y  O6   CAO  SING  N  N  18  
D2Y  C5   C6   SING  N  N  19  
D2Y  C5   O5   SING  N  N  20  
D2Y  C5   C4   SING  N  N  21  
D2Y  C1   O5   SING  N  N  22  
D2Y  C1   O1   SING  N  N  23  
D2Y  C1   C2   SING  N  N  24  
D2Y  CAU  CBB  SING  N  N  25  
D2Y  O4   CAO  SING  N  N  26  
D2Y  O4   C4   SING  N  N  27  
D2Y  CAO  CAP  SING  N  N  28  
D2Y  C3   C4   SING  N  N  29  
D2Y  C3   C2   SING  N  N  30  
D2Y  C3   O3   SING  N  N  31  
D2Y  C2   N2   SING  N  N  32  
D2Y  CAP  OAR  DOUB  N  N  33  
D2Y  CAP  OAS  SING  N  N  34  
D2Y  N2   C7   SING  N  N  35  
D2Y  O7   C7   DOUB  N  N  36  
D2Y  C7   C8   SING  N  N  37  
D2Y  C4   H1   SING  N  N  38  
D2Y  C5   H2   SING  N  N  39  
D2Y  C6   H3   SING  N  N  40  
D2Y  C6   H4   SING  N  N  41  
D2Y  C8   H5   SING  N  N  42  
D2Y  C8   H6   SING  N  N  43  
D2Y  C8   H7   SING  N  N  44  
D2Y  N2   H8   SING  N  N  45  
D2Y  C3   H9   SING  N  N  46  
D2Y  C2   H10  SING  N  N  47  
D2Y  O3   H11  SING  N  N  48  
D2Y  CAQ  H12  SING  N  N  49  
D2Y  CAQ  H13  SING  N  N  50  
D2Y  CAQ  H14  SING  N  N  51  
D2Y  OAS  H15  SING  N  N  52  
D2Y  C1   H16  SING  N  N  53  
D2Y  CAZ  H17  SING  N  N  54  
D2Y  CAY  H18  SING  N  N  55  
D2Y  OBA  H19  SING  N  N  56  
D2Y  CAU  H20  SING  N  N  57  
D2Y  CBB  H21  SING  N  N  58  
D2Y  CBB  H22  SING  N  N  59  
D2Y  OBC  H23  SING  N  N  60  
D2Y  CAW  H24  SING  N  N  61  
D2Y  CBI  H25  SING  N  N  62  
D2Y  CBI  H26  SING  N  N  63  
D2Y  CBI  H27  SING  N  N  64  
D2Y  CAX  H28  SING  N  N  65  
D2Y  NBE  H29  SING  N  N  66  
D2Y  CBG  H30  SING  N  N  67  
D2Y  CBG  H31  SING  N  N  68  
D2Y  CBG  H32  SING  N  N  69  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
D2Y  SMILES            ACDLabs               12.01  "CC(=O)NC1C(O)C(OC2OC3COC(C)(OC3C(O)C2NC(C)=O)C(=O)O)C(CO)OC1OC"  
D2Y  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C20H32N2O13/c1-7(24)21-11-13(26)15(9(5-23)32-17(11)30-4)34-18-12(22-8(2)25)14(27)16-10(33-18)6-31-20(3,35-16)19(28)29/h9-18,23,26-27H,5-6H2,1-4H3,(H,21,24)(H,22,25)(H,28,29)/t9-,10-,11-,12+,13-,14-,15-,16-,17-,18+,20+/m1/s1"  
D2Y  InChIKey          InChI                 1.03   UVHDIWJHCZODAO-MYXXRMNRSA-N  
D2Y  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@@H]3CO[C@@](C)(O[C@H]3[C@H](O)[C@@H]2NC(C)=O)C(O)=O)[C@H](O)[C@H]1NC(C)=O"  
D2Y  SMILES            CACTVS                3.385  "CO[CH]1O[CH](CO)[CH](O[CH]2O[CH]3CO[C](C)(O[CH]3[CH](O)[CH]2NC(C)=O)C(O)=O)[CH](O)[CH]1NC(C)=O"  
D2Y  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "CC(=O)N[C@H]1[C@H]([C@H]2[C@@H](CO[C@](O2)(C)C(=O)O)O[C@H]1O[C@@H]3[C@H](O[C@H]([C@@H]([C@H]3O)NC(=O)C)OC)CO)O"  
D2Y  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "CC(=O)NC1C(C2C(COC(O2)(C)C(=O)O)OC1OC3C(OC(C(C3O)NC(=O)C)OC)CO)O"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
D2Y  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               12.01  "methyl 2-acetamido-4-O-{2-acetamido-4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-2-deoxy-beta-D-mannopyranosyl}-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside"  
D2Y  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "(2~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{R},8~{a}~{S})-7-acetamido-6-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-(hydroxymethyl)-6-methoxy-4-oxidanyl-oxan-3-yl]oxy-2-methyl-8-oxidanyl-4,4~{a},6,7,8,8~{a}-hexahydropyrano[3,2-d][1,3]dioxine-2-carboxylic acid"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
D2Y  "Create component"  2021-11-24  RCSB  
D2Y  "Initial release"   2022-03-09  RCSB  
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