data_D2U
#

_chem_comp.id                                   D2U
_chem_comp.name                                 "(2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-methyl-amino]-3-(4-phenylphenyl)propanoyl]amino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid"
_chem_comp.type                                 NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C36 H35 N3 O4"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2019-06-07
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2019-07-12
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       573.681
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    D2U
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       6K1Q
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 PDBJ
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
D2U  C1   C1   C  0  1  Y  N  N  36.238  33.144  23.856   3.743  -4.843  -0.635  C1   D2U   1  
D2U  C2   C2   C  0  1  Y  N  N  36.489  34.489  23.650   2.888  -3.840  -1.043  C2   D2U   2  
D2U  C3   C3   C  0  1  Y  N  N  37.517  35.130  24.331   2.211  -3.074  -0.092  C3   D2U   3  
D2U  C4   C4   C  0  1  Y  N  N  38.310  34.404  25.201   2.406  -3.329   1.267  C4   D2U   4  
D2U  C5   C5   C  0  1  Y  N  N  38.058  33.055  25.407   3.264  -4.334   1.661  C5   D2U   5  
D2U  C6   C6   C  0  1  Y  N  N  37.024  32.423  24.735   3.931  -5.090   0.714  C6   D2U   6  
D2U  C7   C7   C  0  1  N  N  N  35.095  32.469  23.108   4.470  -5.675  -1.660  C7   D2U   7  
D2U  C8   C8   C  0  1  N  N  N  38.924  32.260  26.371   3.475  -4.610   3.128  C8   D2U   8  
D2U  C9   C9   C  0  1  N  N  N  37.800  36.621  24.088   1.294  -1.998  -0.522  C9   D2U   9  
D2U  N10  N1   N  0  1  N  N  N  36.813  37.679  24.295   0.397  -1.490   0.346  N10  D2U  10  
D2U  C11  C10  C  0  1  N  N  R  37.175  39.054  23.998  -0.631  -0.557  -0.123  C11  D2U  11  
D2U  C12  C11  C  0  1  N  N  N  36.804  40.101  25.054  -0.566   0.730   0.700  C12  D2U  12  
D2U  C13  C12  C  0  1  Y  N  N  37.248  39.700  26.469   0.748   1.423   0.446  C13  D2U  13  
D2U  C14  C13  C  0  1  Y  N  N  38.499  39.140  26.682   0.854   2.346  -0.578  C14  D2U  14  
D2U  C15  C14  C  0  1  Y  N  N  38.874  38.782  27.967   2.055   2.984  -0.815  C15  D2U  15  
D2U  C16  C15  C  0  1  Y  N  N  38.002  38.980  29.029   3.162   2.697  -0.020  C16  D2U  16  
D2U  C17  C16  C  0  1  Y  N  N  36.753  39.534  28.808   3.050   1.766   1.011  C17  D2U  17  
D2U  C18  C17  C  0  1  Y  N  N  36.376  39.892  27.525   1.843   1.138   1.242  C18  D2U  18  
D2U  C19  C18  C  0  1  Y  N  N  38.405  38.576  30.454   4.456   3.379  -0.270  C19  D2U  19  
D2U  C20  C19  C  0  1  Y  N  N  37.433  38.128  31.335   4.566   4.314  -1.298  C20  D2U  20  
D2U  C21  C20  C  0  1  Y  N  N  37.780  37.755  32.623   5.772   4.946  -1.526  C21  D2U  21  
D2U  C22  C21  C  0  1  Y  N  N  39.101  37.828  33.031   6.869   4.653  -0.737  C22  D2U  22  
D2U  C23  C22  C  0  1  Y  N  N  40.074  38.274  32.156   6.765   3.725   0.284  C23  D2U  23  
D2U  C24  C23  C  0  1  Y  N  N  39.729  38.649  30.864   5.563   3.092   0.525  C24  D2U  24  
D2U  C25  C24  C  0  1  N  N  N  35.459  37.411  24.744   0.449  -1.871   1.760  C25  D2U  25  
D2U  O26  O1   O  0  1  N  N  N  38.881  36.928  23.707   1.348  -1.571  -1.659  O26  D2U  26  
D2U  C27  C25  C  0  1  N  N  N  36.694  39.393  22.586  -1.991  -1.187   0.035  C27  D2U  27  
D2U  O28  O2   O  0  1  N  N  N  35.990  40.328  22.385  -2.144  -2.114   0.801  O28  D2U  28  
D2U  N29  N2   N  0  1  N  N  N  37.128  38.508  21.514  -3.036  -0.719  -0.676  N29  D2U  29  
D2U  C30  C26  C  0  1  N  N  S  36.708  38.714  20.135  -4.359  -1.331  -0.522  C30  D2U  30  
D2U  C31  C27  C  0  1  N  N  N  35.795  37.542  19.772  -4.465  -2.531  -1.427  C31  D2U  31  
D2U  C32  C28  C  0  1  N  N  N  37.915  38.831  19.196  -5.438  -0.313  -0.895  C32  D2U  32  
D2U  C33  C29  C  0  1  Y  N  N  38.637  40.175  19.355  -5.411   0.830   0.087  C33  D2U  33  
D2U  C34  C30  C  0  1  Y  N  N  38.251  41.269  20.125  -6.172   0.958   1.185  C34  D2U  34  
D2U  N35  N3   N  0  1  Y  N  N  39.154  42.225  19.993  -5.868   2.125   1.830  N35  D2U  35  
D2U  C36  C31  C  0  1  Y  N  N  40.134  41.823  19.172  -4.879   2.795   1.146  C36  D2U  36  
D2U  C37  C32  C  0  1  Y  N  N  39.851  40.539  18.747  -4.545   2.010   0.027  C37  D2U  37  
D2U  C38  C33  C  0  1  Y  N  N  41.299  42.464  18.720  -4.214   3.998   1.357  C38  D2U  38  
D2U  C39  C34  C  0  1  Y  N  N  42.163  41.806  17.854  -3.244   4.409   0.469  C39  D2U  39  
D2U  C40  C35  C  0  1  Y  N  N  41.869  40.512  17.428  -2.923   3.634  -0.637  C40  D2U  40  
D2U  C41  C36  C  0  1  Y  N  N  40.719  39.870  17.873  -3.558   2.445  -0.860  C41  D2U  41  
D2U  O42  O3   O  0  1  N  N  N  34.800  37.750  19.032  -3.533  -2.843  -2.129  O42  D2U  42  
D2U  O43  O4   O  0  1  N  N  N  36.028  36.386  20.218  -5.597  -3.253  -1.454  O43  D2U  43  
D2U  H1   H1   H  0  1  N  N  N  35.880  35.046  22.953   2.742  -3.648  -2.095  H1   D2U  44  
D2U  H2   H2   H  0  1  N  N  N  39.125  34.887  25.720   1.885  -2.739   2.007  H2   D2U  45  
D2U  H3   H3   H  0  1  N  N  N  36.833  31.372  24.897   4.602  -5.876   1.028  H3   D2U  46  
D2U  H4   H4   H  0  1  N  N  N  35.467  32.068  22.154   3.863  -6.542  -1.920  H4   D2U  47  
D2U  H5   H5   H  0  1  N  N  N  34.692  31.648  23.719   4.649  -5.076  -2.553  H5   D2U  48  
D2U  H6   H6   H  0  1  N  N  N  34.301  33.204  22.912   5.423  -6.008  -1.248  H6   D2U  49  
D2U  H7   H7   H  0  1  N  N  N  39.779  31.831  25.828   2.747  -5.346   3.468  H7   D2U  50  
D2U  H8   H8   H  0  1  N  N  N  39.291  32.924  27.167   4.483  -4.996   3.283  H8   D2U  51  
D2U  H9   H9   H  0  1  N  N  N  38.328  31.449  26.816   3.349  -3.686   3.693  H9   D2U  52  
D2U  H10  H10  H  0  1  N  N  N  38.273  39.075  23.943  -0.458  -0.326  -1.174  H10  D2U  53  
D2U  H11  H11  H  0  1  N  N  N  37.287  41.053  24.790  -1.385   1.388   0.411  H11  D2U  54  
D2U  H12  H12  H  0  1  N  N  N  35.712  40.231  25.052  -0.650   0.488   1.760  H12  D2U  55  
D2U  H13  H13  H  0  1  N  N  N  39.175  38.984  25.854  -0.005   2.568  -1.195  H13  D2U  56  
D2U  H14  H14  H  0  1  N  N  N  39.847  38.348  28.143   2.136   3.705  -1.616  H14  D2U  57  
D2U  H15  H15  H  0  1  N  N  N  36.074  39.687  29.634   3.905   1.539   1.630  H15  D2U  58  
D2U  H16  H16  H  0  1  N  N  N  35.401  40.321  27.349   1.754   0.419   2.043  H16  D2U  59  
D2U  H17  H17  H  0  1  N  N  N  36.403  38.070  31.016   3.710   4.543  -1.915  H17  D2U  60  
D2U  H18  H18  H  0  1  N  N  N  37.021  37.408  33.308   5.858   5.671  -2.322  H18  D2U  61  
D2U  H19  H19  H  0  1  N  N  N  39.372  37.536  34.035   7.811   5.149  -0.919  H19  D2U  62  
D2U  H20  H20  H  0  1  N  N  N  41.103  38.331  32.477   7.626   3.500   0.897  H20  D2U  63  
D2U  H21  H21  H  0  1  N  N  N  40.489  38.997  30.180   5.482   2.371   1.326  H21  D2U  64  
D2U  H22  H22  H  0  1  N  N  N  35.339  36.333  24.927   1.354  -1.465   2.212  H22  D2U  65  
D2U  H23  H23  H  0  1  N  N  N  35.265  37.964  25.675  -0.425  -1.473   2.276  H23  D2U  66  
D2U  H24  H24  H  0  1  N  N  N  34.746  37.733  23.971   0.457  -2.958   1.843  H24  D2U  67  
D2U  H25  H25  H  0  1  N  N  N  37.730  37.739  21.730  -2.914   0.022  -1.289  H25  D2U  68  
D2U  H26  H26  H  0  1  N  N  N  36.124  39.644  20.066  -4.496  -1.644   0.513  H26  D2U  69  
D2U  H27  H27  H  0  1  N  N  N  37.567  38.735  18.157  -5.249   0.066  -1.899  H27  D2U  70  
D2U  H28  H28  H  0  1  N  N  N  38.622  38.019  19.423  -6.416  -0.794  -0.866  H28  D2U  71  
D2U  H29  H29  H  0  1  N  N  N  37.359  41.327  20.731  -6.915   0.245   1.511  H29  D2U  72  
D2U  H30  H30  H  0  1  N  N  N  39.112  43.118  20.441  -6.288   2.436   2.648  H30  D2U  73  
D2U  H31  H31  H  0  1  N  N  N  41.523  43.469  19.046  -4.457   4.609   2.214  H31  D2U  74  
D2U  H32  H32  H  0  1  N  N  N  43.062  42.297  17.511  -2.730   5.344   0.634  H32  D2U  75  
D2U  H33  H33  H  0  1  N  N  N  42.538  40.005  16.748  -2.160   3.971  -1.324  H33  D2U  76  
D2U  H34  H34  H  0  1  N  N  N  40.496  38.864  17.548  -3.302   1.847  -1.722  H34  D2U  77  
D2U  H35  H35  H  0  1  N  N  N  35.362  35.785  19.905  -5.618  -4.014  -2.051  H35  D2U  78  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
D2U  C40  C39  SING  Y  N   1  
D2U  C40  C41  DOUB  Y  N   2  
D2U  C39  C38  DOUB  Y  N   3  
D2U  C41  C37  SING  Y  N   4  
D2U  C38  C36  SING  Y  N   5  
D2U  C37  C36  DOUB  Y  N   6  
D2U  C37  C33  SING  Y  N   7  
D2U  O42  C31  DOUB  N  N   8  
D2U  C36  N35  SING  Y  N   9  
D2U  C32  C33  SING  N  N  10  
D2U  C32  C30  SING  N  N  11  
D2U  C33  C34  DOUB  Y  N  12  
D2U  C31  C30  SING  N  N  13  
D2U  C31  O43  SING  N  N  14  
D2U  N35  C34  SING  Y  N  15  
D2U  C30  N29  SING  N  N  16  
D2U  N29  C27  SING  N  N  17  
D2U  O28  C27  DOUB  N  N  18  
D2U  C27  C11  SING  N  N  19  
D2U  C7   C1   SING  N  N  20  
D2U  C2   C1   DOUB  Y  N  21  
D2U  C2   C3   SING  Y  N  22  
D2U  O26  C9   DOUB  N  N  23  
D2U  C1   C6   SING  Y  N  24  
D2U  C11  N10  SING  N  N  25  
D2U  C11  C12  SING  N  N  26  
D2U  C9   N10  SING  N  N  27  
D2U  C9   C3   SING  N  N  28  
D2U  N10  C25  SING  N  N  29  
D2U  C3   C4   DOUB  Y  N  30  
D2U  C6   C5   DOUB  Y  N  31  
D2U  C12  C13  SING  N  N  32  
D2U  C4   C5   SING  Y  N  33  
D2U  C5   C8   SING  N  N  34  
D2U  C13  C14  DOUB  Y  N  35  
D2U  C13  C18  SING  Y  N  36  
D2U  C14  C15  SING  Y  N  37  
D2U  C18  C17  DOUB  Y  N  38  
D2U  C15  C16  DOUB  Y  N  39  
D2U  C17  C16  SING  Y  N  40  
D2U  C16  C19  SING  N  N  41  
D2U  C19  C24  DOUB  Y  N  42  
D2U  C19  C20  SING  Y  N  43  
D2U  C24  C23  SING  Y  N  44  
D2U  C20  C21  DOUB  Y  N  45  
D2U  C23  C22  DOUB  Y  N  46  
D2U  C21  C22  SING  Y  N  47  
D2U  C2   H1   SING  N  N  48  
D2U  C4   H2   SING  N  N  49  
D2U  C6   H3   SING  N  N  50  
D2U  C7   H4   SING  N  N  51  
D2U  C7   H5   SING  N  N  52  
D2U  C7   H6   SING  N  N  53  
D2U  C8   H7   SING  N  N  54  
D2U  C8   H8   SING  N  N  55  
D2U  C8   H9   SING  N  N  56  
D2U  C11  H10  SING  N  N  57  
D2U  C12  H11  SING  N  N  58  
D2U  C12  H12  SING  N  N  59  
D2U  C14  H13  SING  N  N  60  
D2U  C15  H14  SING  N  N  61  
D2U  C17  H15  SING  N  N  62  
D2U  C18  H16  SING  N  N  63  
D2U  C20  H17  SING  N  N  64  
D2U  C21  H18  SING  N  N  65  
D2U  C22  H19  SING  N  N  66  
D2U  C23  H20  SING  N  N  67  
D2U  C24  H21  SING  N  N  68  
D2U  C25  H22  SING  N  N  69  
D2U  C25  H23  SING  N  N  70  
D2U  C25  H24  SING  N  N  71  
D2U  N29  H25  SING  N  N  72  
D2U  C30  H26  SING  N  N  73  
D2U  C32  H27  SING  N  N  74  
D2U  C32  H28  SING  N  N  75  
D2U  C34  H29  SING  N  N  76  
D2U  N35  H30  SING  N  N  77  
D2U  C38  H31  SING  N  N  78  
D2U  C39  H32  SING  N  N  79  
D2U  C40  H33  SING  N  N  80  
D2U  C41  H34  SING  N  N  81  
D2U  O43  H35  SING  N  N  82  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
D2U  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C36H35N3O4/c1-23-17-24(2)19-28(18-23)35(41)39(3)33(20-25-13-15-27(16-14-25)26-9-5-4-6-10-26)34(40)38-32(36(42)43)21-29-22-37-31-12-8-7-11-30(29)31/h4-19,22,32-33,37H,20-21H2,1-3H3,(H,38,40)(H,42,43)/t32-,33+/m0/s1"  
D2U  InChIKey          InChI                 1.03   UZDORQWMYRRLQV-JHOUSYSJSA-N  
D2U  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "CN([C@H](Cc1ccc(cc1)c2ccccc2)C(=O)N[C@@H](Cc3c[nH]c4ccccc34)C(O)=O)C(=O)c5cc(C)cc(C)c5"  
D2U  SMILES            CACTVS                3.385  "CN([CH](Cc1ccc(cc1)c2ccccc2)C(=O)N[CH](Cc3c[nH]c4ccccc34)C(O)=O)C(=O)c5cc(C)cc(C)c5"  
D2U  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "Cc1cc(cc(c1)C(=O)N(C)[C@H](Cc2ccc(cc2)c3ccccc3)C(=O)N[C@@H](Cc4c[nH]c5c4cccc5)C(=O)O)C"  
D2U  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "Cc1cc(cc(c1)C(=O)N(C)C(Cc2ccc(cc2)c3ccccc3)C(=O)NC(Cc4c[nH]c5c4cccc5)C(=O)O)C"  
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id          D2U
_pdbx_chem_comp_identifier.type             "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program          "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version  2.0.7
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier       "(2~{S})-2-[[(2~{R})-2-[(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-methyl-amino]-3-(4-phenylphenyl)propanoyl]amino]-3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoic acid"
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
D2U  "Create component"  2019-06-07  PDBJ  
D2U  "Initial release"   2019-07-17  RCSB  
##
