data_RUS
# 
_chem_comp.id                                    RUS 
_chem_comp.name                                  "1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-2-selanylpyrimidin-4(1H)-one" 
_chem_comp.type                                  "RNA linking" 
_chem_comp.pdbx_type                             ATOMN 
_chem_comp.formula                               "C9 H13 N2 O8 P Se" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               U 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2011-06-02 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2011-06-24 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        387.142 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     RUS 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        3S49 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
RUS P      P    P  0 1 N N N 19.896 14.690 2.541 4.330  0.936  0.358  P    RUS 1  
RUS N1     N1   N  0 1 N N N 17.462 10.297 4.403 -2.284 -0.162 0.904  N1   RUS 2  
RUS C2     C2   C  0 1 N N N 16.480 9.442  4.886 -2.408 0.634  -0.174 C2   RUS 3  
RUS SE2    SE2  SE 0 0 N N N 16.732 7.758  5.223 -1.041 0.564  -1.577 SE2  RUS 4  
RUS N3     N3   N  0 1 N N N 15.254 10.043 5.079 -3.417 1.452  -0.307 N3   RUS 5  
RUS C4     C4   C  0 1 N N N 14.912 11.365 4.849 -4.372 1.524  0.637  C4   RUS 6  
RUS O4     O4   O  0 1 N N N 13.768 11.742 5.076 -5.313 2.291  0.506  O4   RUS 7  
RUS C5     C5   C  0 1 N N N 15.978 12.189 4.349 -4.275 0.701  1.786  C5   RUS 8  
RUS C6     C6   C  0 1 N N N 17.181 11.635 4.147 -3.218 -0.136 1.896  C6   RUS 9  
RUS "C1'"  C1*  C  0 1 N N R 18.840 9.744  4.157 -1.139 -1.069 1.009  C1*  RUS 10 
RUS O1P    O1P  O  0 1 N N N 20.962 14.980 1.546 4.026  1.863  -0.754 O1P  RUS 11 
RUS "C2'"  C2*  C  0 1 N N R 18.982 9.030  2.820 -1.152 -2.089 -0.152 C2*  RUS 12 
RUS "O2'"  O2*  O  0 1 N N N 19.877 7.938  2.952 -1.714 -3.330 0.280  O2*  RUS 13 
RUS O2P    O2P  O  0 1 N N N 18.555 15.320 2.424 5.495  -0.079 -0.093 O2P  RUS 14 
RUS "C3'"  C3*  C  0 1 N N S 19.480 10.175 1.942 0.339  -2.265 -0.513 C3*  RUS 15 
RUS "O3'"  O3*  O  0 1 N N N 20.072 9.753  0.713 0.745  -3.621 -0.317 O3*  RUS 16 
RUS O3P    O3P  O  0 1 N Y N 20.495 15.088 3.972 4.818  1.778  1.641  O3P  RUS 17 
RUS "C4'"  C4*  C  0 1 N N R 20.487 10.817 2.880 1.078  -1.331 0.471  C4*  RUS 18 
RUS "O4'"  O4*  O  0 1 N N N 19.828 10.763 4.174 0.097  -0.339 0.844  O4*  RUS 19 
RUS "C5'"  C5*  C  0 1 N N N 20.842 12.254 2.549 2.271  -0.667 -0.219 C5*  RUS 20 
RUS "O5'"  O5*  O  0 1 N N N 19.708 13.108 2.627 3.007  0.100  0.737  O5*  RUS 21 
RUS H5     H5   H  0 1 N N N 15.812 13.236 4.140 -5.029 0.741  2.559  H5   RUS 22 
RUS H6     H6   H  0 1 N N N 17.974 12.260 3.765 -3.115 -0.777 2.759  H6   RUS 23 
RUS "H1'"  H1*  H  0 1 N N N 18.987 9.025  4.977 -1.150 -1.584 1.969  H1*  RUS 24 
RUS "H2'"  H2*  H  0 1 N N N 18.078 8.560  2.406 -1.709 -1.693 -1.001 H2*  RUS 25 
RUS "HO2'" HO2* H  0 0 N N N 19.963 7.495  2.116 -1.746 -4.007 -0.410 HO2* RUS 26 
RUS HO2P   HO2P H  0 0 N N N 18.535 15.884 1.660 5.747  -0.717 0.589  HO2P RUS 27 
RUS "H3'"  H3*  H  0 1 N N N 18.678 10.840 1.588 0.522  -1.956 -1.543 H3*  RUS 28 
RUS "HO3'" HO3* H  0 0 N N N 20.357 10.514 0.221 0.269  -4.258 -0.868 HO3* RUS 29 
RUS HO3P   HO3P H  0 0 N Y N 21.381 15.414 3.865 5.612  2.307  1.485  HO3P RUS 30 
RUS "H4'"  H4*  H  0 1 N N N 21.448 10.286 2.821 1.407  -1.888 1.348  H4*  RUS 31 
RUS "H5'"  H5*  H  0 1 N N N 21.598 12.605 3.266 2.918  -1.434 -0.645 H5*  RUS 32 
RUS "H5'A" H5*A H  0 0 N N N 21.243 12.292 1.525 1.913  -0.012 -1.013 H5*A RUS 33 
RUS HSE2   HSE2 H  0 0 N N N 15.489 7.167  5.709 -1.592 1.622  -2.583 HSE2 RUS 34 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
RUS O1P   P      DOUB N N 1  
RUS O2P   P      SING N N 2  
RUS P     "O5'"  SING N N 3  
RUS P     O3P    SING N N 4  
RUS C6    N1     SING N N 5  
RUS "C1'" N1     SING N N 6  
RUS N1    C2     SING N N 7  
RUS C2    N3     DOUB N N 8  
RUS C2    SE2    SING N N 9  
RUS C4    N3     SING N N 10 
RUS C5    C4     SING N N 11 
RUS C4    O4     DOUB N N 12 
RUS C6    C5     DOUB N N 13 
RUS C5    H5     SING N N 14 
RUS C6    H6     SING N N 15 
RUS "C2'" "C1'"  SING N N 16 
RUS "C1'" "O4'"  SING N N 17 
RUS "C1'" "H1'"  SING N N 18 
RUS "C3'" "C2'"  SING N N 19 
RUS "C2'" "O2'"  SING N N 20 
RUS "C2'" "H2'"  SING N N 21 
RUS "O2'" "HO2'" SING N N 22 
RUS O2P   HO2P   SING N N 23 
RUS "O3'" "C3'"  SING N N 24 
RUS "C3'" "C4'"  SING N N 25 
RUS "C3'" "H3'"  SING N N 26 
RUS "O3'" "HO3'" SING N N 27 
RUS O3P   HO3P   SING N N 28 
RUS "C5'" "C4'"  SING N N 29 
RUS "C4'" "O4'"  SING N N 30 
RUS "C4'" "H4'"  SING N N 31 
RUS "C5'" "O5'"  SING N N 32 
RUS "C5'" "H5'"  SING N N 33 
RUS "C5'" "H5'A" SING N N 34 
RUS SE2   HSE2   SING N N 35 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
RUS SMILES           ACDLabs              12.01 "O=P(O)(O)OCC2OC(N1C(=NC(=O)C=C1)[SeH])C(O)C2O"                                                                                                       
RUS SMILES_CANONICAL CACTVS               3.370 "O[C@H]1[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]1CO[P](O)(O)=O)N2C=CC(=O)N=C2[SeH]"                                                                                    
RUS SMILES           CACTVS               3.370 "O[CH]1[CH](O)[CH](O[CH]1CO[P](O)(O)=O)N2C=CC(=O)N=C2[SeH]"                                                                                           
RUS SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.7.2 "C1=CN(C(=NC1=O)[SeH])[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)O)O)O"                                                                                   
RUS SMILES           "OpenEye OEToolkits" 1.7.2 "C1=CN(C(=NC1=O)[SeH])C2C(C(C(O2)COP(=O)(O)O)O)O"                                                                                                     
RUS InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C9H13N2O8PSe/c12-5-1-2-11(9(21)10-5)8-7(14)6(13)4(19-8)3-18-20(15,16)17/h1-2,4,6-8,13-14H,3H2,(H,10,12,21)(H2,15,16,17)/t4-,6-,7-,8-/m1/s1" 
RUS InChIKey         InChI                1.03  OOOIYMZGLXSVKX-XVFCMESISA-N                                                                                                                           
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
RUS "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-2-selanylpyrimidin-4(1H)-one"                                                  
RUS "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.7.2 "[(2R,3S,4R,5R)-3,4-bis(oxidanyl)-5-(4-oxidanylidene-2-selanyl-pyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
RUS "Create component"  2011-06-02 RCSB 
RUS "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB 
# 
