data_PAR
# 
_chem_comp.id                                    PAR 
_chem_comp.name                                  PAROMOMYCIN 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAD 
_chem_comp.formula                               "C23 H45 N5 O14" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         "PAROMOMYCIN I; AMMINOSIDIN; CATENULIN; CRESTOMYCIN; MONOMYCIN A; NEOMYCIN E" 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2000-08-25 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2020-05-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        615.628 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     PAR 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        1FJG 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
PAR C11  C11  C 0 1 N N S 190.683 88.111 -9.450  -1.080 -0.649 2.633  C11  PAR 1  
PAR O11  O11  O 0 1 N N N 191.497 89.297 -9.532  -0.316 0.450  3.132  O11  PAR 2  
PAR C21  C21  C 0 1 N N R 189.371 88.414 -8.700  -2.376 -0.126 2.009  C21  PAR 3  
PAR N21  N21  N 0 1 N N N 188.653 89.565 -9.314  -2.057 0.767  0.889  N21  PAR 4  
PAR C31  C31  C 0 1 N N R 189.683 88.700 -7.188  -3.167 0.644  3.071  C31  PAR 5  
PAR O31  O31  O 0 1 N N N 188.472 88.967 -6.441  -4.445 1.010  2.549  O31  PAR 6  
PAR C41  C41  C 0 1 N N S 190.412 87.486 -6.554  -3.351 -0.259 4.296  C41  PAR 7  
PAR O41  O41  O 0 1 N N N 190.675 87.771 -5.184  -3.956 0.486  5.355  O41  PAR 8  
PAR C51  C51  C 0 1 N N R 191.733 87.185 -7.330  -1.982 -0.771 4.747  C51  PAR 9  
PAR O51  O51  O 0 1 N N N 191.389 87.002 -8.766  -1.385 -1.540 3.704  O51  PAR 10 
PAR C61  C61  C 0 1 N N N 192.432 85.898 -6.785  -2.153 -1.647 5.990  C61  PAR 11 
PAR O61  O61  O 0 1 N N N 193.666 85.615 -7.478  -0.878 -2.148 6.399  O61  PAR 12 
PAR C12  C12  C 0 1 N N R 193.984 91.226 -12.432 3.893  0.370  3.563  C12  PAR 13 
PAR N12  N12  N 0 1 N N N 195.042 91.550 -13.429 5.245  -0.139 3.831  N12  PAR 14 
PAR C22  C22  C 0 1 N N N 194.695 90.726 -11.154 3.033  0.221  4.819  C22  PAR 15 
PAR C32  C32  C 0 1 N N S 193.651 90.380 -10.060 1.625  0.752  4.539  C32  PAR 16 
PAR N32  N32  N 0 1 N N N 194.403 89.894 -8.885  0.799  0.609  5.745  N32  PAR 17 
PAR C42  C42  C 0 1 N N R 192.577 89.349 -10.522 0.998  -0.045 3.394  C42  PAR 18 
PAR C52  C52  C 0 1 N N R 191.961 89.780 -11.860 1.858  0.103  2.137  C52  PAR 19 
PAR O52  O52  O 0 1 N N N 191.127 88.714 -12.362 1.273  -0.641 1.068  O52  PAR 20 
PAR C62  C62  C 0 1 N N S 193.029 90.090 -12.902 3.266  -0.427 2.418  C62  PAR 21 
PAR O62  O62  O 0 1 N N N 192.345 90.458 -14.085 4.070  -0.288 1.244  O62  PAR 22 
PAR C13  C13  C 0 1 N N S 189.836 89.065 -12.903 1.618  0.032  -0.142 C13  PAR 23 
PAR C23  C23  C 0 1 N N R 189.409 88.119 -14.000 1.022  -0.708 -1.360 C23  PAR 24 
PAR O23  O23  O 0 1 N N N 189.985 88.500 -15.258 2.006  -1.547 -1.969 O23  PAR 25 
PAR C33  C33  C 0 1 N N S 187.835 88.084 -13.889 0.607  0.425  -2.323 C33  PAR 26 
PAR O33  O33  O 0 1 N N N 187.155 89.099 -14.714 1.323  0.323  -3.556 O33  PAR 27 
PAR C43  C43  C 0 1 N N R 187.551 88.482 -12.434 0.998  1.719  -1.576 C43  PAR 28 
PAR O43  O43  O 0 1 N N N 188.826 88.962 -11.867 1.017  1.345  -0.179 O43  PAR 29 
PAR C53  C53  C 0 1 N N N 186.971 87.380 -11.575 -0.038 2.818  -1.819 C53  PAR 30 
PAR O53  O53  O 0 1 N N N 186.439 88.014 -10.423 0.308  3.977  -1.059 O53  PAR 31 
PAR C14  C14  C 0 1 N N R 186.864 88.657 -16.024 0.504  -0.436 -4.447 C14  PAR 32 
PAR C24  C24  C 0 1 N N R 187.390 89.586 -17.128 1.222  -0.588 -5.790 C24  PAR 33 
PAR N24  N24  N 0 1 N N N 188.838 89.972 -16.927 1.444  0.737  -6.382 N24  PAR 34 
PAR C34  C34  C 0 1 N N R 186.489 90.798 -17.297 0.352  -1.432 -6.729 C34  PAR 35 
PAR O34  O34  O 0 1 N N N 186.996 91.562 -18.353 0.254  -2.765 -6.223 O34  PAR 36 
PAR C44  C44  C 0 1 N N S 185.048 90.349 -17.661 -1.042 -0.800 -6.802 C44  PAR 37 
PAR O44  O44  O 0 1 N N N 184.165 91.472 -17.892 -0.955 0.476  -7.439 O44  PAR 38 
PAR C54  C54  C 0 1 N N S 184.457 89.519 -16.505 -1.589 -0.633 -5.383 C54  PAR 39 
PAR O54  O54  O 0 1 N N N 185.387 88.390 -16.222 -0.738 0.235  -4.638 O54  PAR 40 
PAR C64  C64  C 0 1 N N N 184.192 90.395 -15.230 -2.996 -0.036 -5.448 C64  PAR 41 
PAR N64  N64  N 0 1 N N N 183.462 89.617 -14.178 -3.524 0.121  -4.086 N64  PAR 42 
PAR H11  H11  H 0 1 N N N 190.460 87.792 -10.495 -0.501 -1.178 1.876  H11  PAR 43 
PAR H21  H21  H 0 1 N N N 188.704 87.523 -8.775  -2.971 -0.965 1.649  H21  PAR 44 
PAR HN21 1HN2 H 0 0 N N N 187.784 89.765 -8.817  -1.539 0.219  0.219  HN21 PAR 45 
PAR HN22 2HN2 H 0 0 N N N 188.490 89.417 -10.310 -2.933 1.008  0.451  HN22 PAR 46 
PAR H31  H31  H 0 1 N N N 190.336 89.602 -7.143  -2.618 1.541  3.357  H31  PAR 47 
PAR HO31 1HO3 H 0 0 N N N 188.660 89.140 -5.526  -4.911 1.481  3.254  HO31 PAR 48 
PAR H41  H41  H 0 1 N N N 189.767 86.578 -6.619  -3.988 -1.103 4.034  H41  PAR 49 
PAR HO41 1HO4 H 0 0 N N N 191.121 87.027 -4.795  -4.046 -0.117 6.105  HO41 PAR 50 
PAR H51  H51  H 0 1 N N N 192.442 88.034 -7.195  -1.338 0.074  4.987  H51  PAR 51 
PAR H611 1H61 H 0 0 N N N 192.592 85.961 -5.683  -2.586 -1.055 6.796  H611 PAR 52 
PAR H612 2H61 H 0 0 N N N 191.743 85.021 -6.812  -2.814 -2.483 5.758  H612 PAR 53 
PAR HO61 1HO6 H 0 0 N N N 194.090 84.832 -7.146  -1.039 -2.750 7.139  HO61 PAR 54 
PAR H12  H12  H 0 1 N N N 193.372 92.144 -12.273 3.950  1.422  3.284  H12  PAR 55 
PAR H121 1H12 H 0 0 N N N 194.572 91.880 -14.272 5.617  0.413  4.589  H121 PAR 56 
PAR H122 2H12 H 0 0 N N N 195.676 90.771 -13.604 5.136  -1.078 4.184  H122 PAR 57 
PAR H221 1H22 H 0 0 N N N 195.376 89.869 -11.364 2.976  -0.830 5.098  H221 PAR 58 
PAR H222 2H22 H 0 0 N N N 195.455 91.454 -10.788 3.480  0.789  5.635  H222 PAR 59 
PAR H32  H32  H 0 1 N N N 193.063 91.295 -9.814  1.682  1.804  4.260  H32  PAR 60 
PAR H321 1H32 H 0 0 N N N 193.716 89.666 -8.165  1.292  1.077  6.491  H321 PAR 61 
PAR H322 2H32 H 0 0 N N N 195.115 90.550 -8.565  -0.045 1.135  5.582  H322 PAR 62 
PAR H42  H42  H 0 1 N N N 193.069 88.354 -10.631 0.941  -1.097 3.673  H42  PAR 63 
PAR H52  H52  H 0 1 N N N 191.366 90.705 -11.678 1.916  1.155  1.859  H52  PAR 64 
PAR H62  H62  H 0 1 N N N 193.676 89.198 -13.071 3.209  -1.479 2.696  H62  PAR 65 
PAR HO62 2HO6 H 0 0 N N N 191.762 89.764 -14.371 4.946  -0.633 1.463  HO62 PAR 66 
PAR H13  H13  H 0 1 N N N 189.929 90.101 -13.302 2.701  0.109  -0.238 H13  PAR 67 
PAR H23  H23  H 0 1 N N N 189.785 87.073 -13.904 0.153  -1.294 -1.062 H23  PAR 68 
PAR HO23 3HO2 H 0 0 N N N 189.716 87.904 -15.948 2.226  -2.233 -1.324 HO23 PAR 69 
PAR H33  H33  H 0 1 N N N 187.472 87.082 -14.217 -0.467 0.398  -2.504 H33  PAR 70 
PAR H43  H43  H 0 1 N N N 186.760 89.268 -12.438 1.986  2.055  -1.892 H43  PAR 71 
PAR H531 1H53 H 0 0 N N N 186.230 86.742 -12.112 -0.058 3.070  -2.879 H531 PAR 72 
PAR H532 2H53 H 0 0 N N N 187.701 86.571 -11.338 -1.022 2.463  -1.511 H532 PAR 73 
PAR HO53 3HO5 H 0 0 N N N 186.074 87.322 -9.883  -0.368 4.643  -1.241 HO53 PAR 74 
PAR H14  H14  H 0 1 N N N 187.418 87.694 -16.124 0.321  -1.422 -4.020 H14  PAR 75 
PAR H24  H24  H 0 1 N N N 187.361 89.009 -18.081 2.181  -1.084 -5.637 H24  PAR 76 
PAR H241 1H24 H 0 0 N N N 189.187 90.589 -17.660 2.013  1.255  -5.728 H241 PAR 77 
PAR H242 2H24 H 0 0 N N N 189.427 89.144 -16.833 2.008  0.595  -7.207 H242 PAR 78 
PAR H34  H34  H 0 1 N N N 186.459 91.382 -16.347 0.799  -1.450 -7.723 H34  PAR 79 
PAR HO34 4HO3 H 0 0 N N N 186.432 92.319 -18.458 -0.299 -3.259 -6.842 HO34 PAR 80 
PAR H44  H44  H 0 1 N N N 185.122 89.750 -18.598 -1.706 -1.448 -7.374 H44  PAR 81 
PAR HO44 4HO4 H 0 0 N N N 183.283 91.197 -18.114 -0.601 0.322  -8.326 HO44 PAR 82 
PAR H54  H54  H 0 1 N N N 183.461 89.116 -16.804 -1.631 -1.606 -4.894 H54  PAR 83 
PAR H641 1H64 H 0 0 N N N 185.136 90.835 -14.832 -3.647 -0.700 -6.015 H641 PAR 84 
PAR H642 2H64 H 0 0 N N N 183.657 91.339 -15.486 -2.955 0.937  -5.937 H642 PAR 85 
PAR HN61 1HN6 H 0 0 N N N 183.289 90.186 -13.349 -4.448 0.516  -4.177 HN61 PAR 86 
PAR HN62 2HN6 H 0 0 N N N 183.951 88.753 -13.943 -3.641 -0.807 -3.711 HN62 PAR 87 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
PAR C11 O11  SING N N 1  
PAR C11 C21  SING N N 2  
PAR C11 O51  SING N N 3  
PAR C11 H11  SING N N 4  
PAR O11 C42  SING N N 5  
PAR C21 N21  SING N N 6  
PAR C21 C31  SING N N 7  
PAR C21 H21  SING N N 8  
PAR N21 HN21 SING N N 9  
PAR N21 HN22 SING N N 10 
PAR C31 O31  SING N N 11 
PAR C31 C41  SING N N 12 
PAR C31 H31  SING N N 13 
PAR O31 HO31 SING N N 14 
PAR C41 O41  SING N N 15 
PAR C41 C51  SING N N 16 
PAR C41 H41  SING N N 17 
PAR O41 HO41 SING N N 18 
PAR C51 O51  SING N N 19 
PAR C51 C61  SING N N 20 
PAR C51 H51  SING N N 21 
PAR C61 O61  SING N N 22 
PAR C61 H611 SING N N 23 
PAR C61 H612 SING N N 24 
PAR O61 HO61 SING N N 25 
PAR C12 N12  SING N N 26 
PAR C12 C22  SING N N 27 
PAR C12 C62  SING N N 28 
PAR C12 H12  SING N N 29 
PAR N12 H121 SING N N 30 
PAR N12 H122 SING N N 31 
PAR C22 C32  SING N N 32 
PAR C22 H221 SING N N 33 
PAR C22 H222 SING N N 34 
PAR C32 N32  SING N N 35 
PAR C32 C42  SING N N 36 
PAR C32 H32  SING N N 37 
PAR N32 H321 SING N N 38 
PAR N32 H322 SING N N 39 
PAR C42 C52  SING N N 40 
PAR C42 H42  SING N N 41 
PAR C52 O52  SING N N 42 
PAR C52 C62  SING N N 43 
PAR C52 H52  SING N N 44 
PAR O52 C13  SING N N 45 
PAR C62 O62  SING N N 46 
PAR C62 H62  SING N N 47 
PAR O62 HO62 SING N N 48 
PAR C13 C23  SING N N 49 
PAR C13 O43  SING N N 50 
PAR C13 H13  SING N N 51 
PAR C23 O23  SING N N 52 
PAR C23 C33  SING N N 53 
PAR C23 H23  SING N N 54 
PAR O23 HO23 SING N N 55 
PAR C33 O33  SING N N 56 
PAR C33 C43  SING N N 57 
PAR C33 H33  SING N N 58 
PAR O33 C14  SING N N 59 
PAR C43 O43  SING N N 60 
PAR C43 C53  SING N N 61 
PAR C43 H43  SING N N 62 
PAR C53 O53  SING N N 63 
PAR C53 H531 SING N N 64 
PAR C53 H532 SING N N 65 
PAR O53 HO53 SING N N 66 
PAR C14 C24  SING N N 67 
PAR C14 O54  SING N N 68 
PAR C14 H14  SING N N 69 
PAR C24 N24  SING N N 70 
PAR C24 C34  SING N N 71 
PAR C24 H24  SING N N 72 
PAR N24 H241 SING N N 73 
PAR N24 H242 SING N N 74 
PAR C34 O34  SING N N 75 
PAR C34 C44  SING N N 76 
PAR C34 H34  SING N N 77 
PAR O34 HO34 SING N N 78 
PAR C44 O44  SING N N 79 
PAR C44 C54  SING N N 80 
PAR C44 H44  SING N N 81 
PAR O44 HO44 SING N N 82 
PAR C54 O54  SING N N 83 
PAR C54 C64  SING N N 84 
PAR C54 H54  SING N N 85 
PAR C64 N64  SING N N 86 
PAR C64 H641 SING N N 87 
PAR C64 H642 SING N N 88 
PAR N64 HN61 SING N N 89 
PAR N64 HN62 SING N N 90 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
PAR SMILES           ACDLabs              10.04 "O(C2C(OC1OC(CO)C(O)C(O)C1N)C(N)CC(N)C2O)C4OC(C(OC3OC(CN)C(O)C(O)C3N)C4O)CO"                                                                                                                                                                                   
PAR SMILES_CANONICAL CACTVS               3.341 "NC[C@@H]1O[C@H](O[C@H]2[C@@H](O)[C@@H](O[C@@H]2CO)O[C@@H]3[C@@H](O)[C@H](N)C[C@H](N)[C@H]3O[C@H]4O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]4N)[C@H](N)[C@@H](O)[C@@H]1O"                                                                                                
PAR SMILES           CACTVS               3.341 "NC[CH]1O[CH](O[CH]2[CH](O)[CH](O[CH]2CO)O[CH]3[CH](O)[CH](N)C[CH](N)[CH]3O[CH]4O[CH](CO)[CH](O)[CH](O)[CH]4N)[CH](N)[CH](O)[CH]1O"                                                                                                                            
PAR SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]1N)O[C@@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)N)O[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O[C@@H]4[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@@H](O4)CN)O)O)N)O)O)N"                                                                                      
PAR SMILES           "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "C1C(C(C(C(C1N)OC2C(C(C(C(O2)CO)O)O)N)OC3C(C(C(O3)CO)OC4C(C(C(C(O4)CN)O)O)N)O)O)N"                                                                                                                                                                             
PAR InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C23H45N5O14/c24-2-7-13(32)15(34)10(27)21(37-7)41-19-9(4-30)39-23(17(19)36)42-20-12(31)5(25)1-6(26)18(20)40-22-11(28)16(35)14(33)8(3-29)38-22/h5-23,29-36H,1-4,24-28H2/t5-,6+,7+,8-,9-,10-,11-,12+,13-,14-,15-,16-,17-,18-,19-,20-,21-,22-,23+/m1/s1" 
PAR InChIKey         InChI                1.03  UOZODPSAJZTQNH-LSWIJEOBSA-N                                                                                                                                                                                                                                    
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
PAR "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              10.04 "(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-{[3-O-(2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranosyl)-beta-D-ribofuranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside"                                                                              
PAR "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.5.0 "(2R,3S,4R,5R,6S)-5-amino-6-[(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2-[(2S,3R,4S,5R)-4-[(2R,3R,4R,5S,6S)-3-amino-6-(aminomethyl)-4,5-dihydroxy-oxan-2-yl]oxy-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3-hydroxy-cyclohexyl]oxy-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
PAR "Create component"  2000-08-25 RCSB 
PAR "Modify descriptor" 2011-06-04 RCSB 
PAR "Modify synonyms"   2020-05-27 PDBE 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal 
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id 
_pdbx_chem_comp_synonyms.name 
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance 
_pdbx_chem_comp_synonyms.type 
1 PAR "PAROMOMYCIN I" ? ? 
2 PAR AMMINOSIDIN     ? ? 
3 PAR CATENULIN       ? ? 
4 PAR CRESTOMYCIN     ? ? 
5 PAR "MONOMYCIN A"   ? ? 
6 PAR "NEOMYCIN E"    ? ? 
# 
