data_D2I
# 
_chem_comp.id                                    D2I 
_chem_comp.name                                  "~{O}3-~{tert}-butyl ~{O}1-methyl (1~{R},3~{R})-4-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)cyclohexane-1,3-dicarboxylate" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C20 H26 O5" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2023-07-17 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-09-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        346.417 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     D2I 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8PSW 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
_chem_comp.pdbx_pcm                              Y 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
D2I C15 C1  C 0 1 N N N N N N -26.321 -32.763 23.603 -4.039 2.743  0.610  C15 D2I 1  
D2I O   O1  O 0 1 N N N N N N -25.186 -31.893 23.596 -3.223 1.547  0.502  O   D2I 2  
D2I C14 C2  C 0 1 N N N N N N -24.421 -31.664 22.380 -1.903 1.723  0.330  C14 D2I 3  
D2I C3  C3  C 0 1 N N N N N N -23.315 -29.745 21.275 0.448  1.003  0.023  C3  D2I 4  
D2I C2  C4  C 0 1 N N R N N N -24.034 -28.464 21.712 1.360  -0.209 -0.192 C2  D2I 5  
D2I C16 C5  C 0 1 N N N N N N -24.961 -28.044 20.599 2.798  0.240  -0.238 C16 D2I 6  
D2I C17 C6  C 0 1 N N N N N N -25.301 -27.926 18.085 5.138  -0.155 -0.453 C17 D2I 7  
D2I C18 C7  C 0 1 N N N N N N -24.770 -28.683 16.877 5.282  0.846  -1.601 C18 D2I 8  
D2I C19 C8  C 0 1 N N N N N N -24.974 -26.444 17.976 6.109  -1.318 -0.666 C19 D2I 9  
D2I C20 C9  C 0 1 N N N N N N -26.806 -28.124 18.206 5.458  0.540  0.872  C20 D2I 10 
D2I C1  C10 C 0 1 N N N N N N -24.718 -28.541 23.055 1.165  -1.168 0.962  C1  D2I 11 
D2I C6  C11 C 0 1 N N N N N N -24.143 -29.379 24.170 -0.245 -1.584 1.318  C6  D2I 12 
D2I C5  C12 C 0 1 N N N N N N -22.910 -30.131 23.677 -1.099 -0.321 1.478  C5  D2I 13 
D2I C4  C13 C 0 1 N N R N N N -23.155 -30.827 22.341 -0.993 0.527  0.210  C4  D2I 14 
D2I C7  C14 C 0 1 N N N N N N -21.959 -31.732 21.981 -1.413 -0.312 -0.998 C7  D2I 15 
D2I C8  C15 C 0 1 Y N N N N N -21.762 -32.867 22.976 -2.833 -0.781 -0.815 C8  D2I 16 
D2I C9  C16 C 0 1 Y N N N N N -22.525 -34.029 22.880 -3.088 -1.981 -0.178 C9  D2I 17 
D2I C10 C17 C 0 1 Y N N N N N -22.354 -35.063 23.796 -4.391 -2.411 -0.010 C10 D2I 18 
D2I C11 C18 C 0 1 Y N N N N N -21.412 -34.945 24.810 -5.439 -1.641 -0.479 C11 D2I 19 
D2I C12 C19 C 0 1 Y N N N N N -20.644 -33.790 24.909 -5.184 -0.441 -1.115 C12 D2I 20 
D2I C13 C20 C 0 1 Y N N N N N -20.815 -32.755 23.992 -3.882 -0.009 -1.279 C13 D2I 21 
D2I O1  O2  O 0 1 N N N N N N -24.825 -32.194 21.368 -1.445 2.839  0.272  O1  D2I 22 
D2I O2  O3  O 0 1 N N N N N N -25.932 -27.345 20.840 3.069  1.411  -0.112 O2  D2I 23 
D2I O3  O4  O 0 1 N N N N N N -24.655 -28.460 19.237 3.777  -0.660 -0.419 O3  D2I 24 
D2I O4  O5  O 0 1 N N N N N N -25.730 -27.881 23.253 2.111  -1.592 1.582  O4  D2I 25 
D2I H1  H1  H 0 1 N N N N N N -26.752 -32.796 24.614 -5.082 2.460  0.746  H1  D2I 26 
D2I H2  H2  H 0 1 N N N N N N -27.075 -32.388 22.895 -3.708 3.333  1.465  H2  D2I 27 
D2I H3  H3  H 0 1 N N N N N N -26.009 -33.775 23.304 -3.938 3.335  -0.300 H3  D2I 28 
D2I H4  H4  H 0 1 N N N N N N -23.882 -30.179 20.439 0.770  1.547  0.911  H4  D2I 29 
D2I H5  H5  H 0 1 N N N N N N -22.309 -29.464 20.929 0.505  1.659  -0.846 H5  D2I 30 
D2I H6  H6  H 0 1 N N N N N N -23.262 -27.685 21.793 1.098  -0.704 -1.127 H6  D2I 31 
D2I H7  H7  H 0 1 N N N N N N -25.016 -29.751 16.975 6.304  1.225  -1.627 H7  D2I 32 
D2I H8  H8  H 0 1 N N N N N N -25.231 -28.283 15.962 5.055  0.351  -2.545 H8  D2I 33 
D2I H9  H9  H 0 1 N N N N N N -23.678 -28.563 16.820 4.591  1.675  -1.450 H9  D2I 34 
D2I H10 H10 H 0 1 N N N N N N -25.366 -25.916 18.858 6.006  -2.031 0.152  H10 D2I 35 
D2I H11 H11 H 0 1 N N N N N N -23.883 -26.312 17.925 5.881  -1.813 -1.610 H11 D2I 36 
D2I H12 H12 H 0 1 N N N N N N -25.436 -26.033 17.067 7.130  -0.939 -0.691 H12 D2I 37 
D2I H13 H13 H 0 1 N N N N N N -27.180 -27.573 19.082 5.355  -0.173 1.690  H13 D2I 38 
D2I H14 H14 H 0 1 N N N N N N -27.299 -27.747 17.298 6.480  0.919  0.846  H14 D2I 39 
D2I H15 H15 H 0 1 N N N N N N -27.026 -29.195 18.325 4.767  1.369  1.024  H15 D2I 40 
D2I H16 H16 H 0 1 N N N N N N -23.860 -28.725 25.008 -0.656 -2.205 0.523  H16 D2I 41 
D2I H17 H17 H 0 1 N N N N N N -24.899 -30.102 24.509 -0.236 -2.144 2.253  H17 D2I 42 
D2I H18 H18 H 0 1 N N N N N N -22.634 -30.888 24.426 -2.139 -0.604 1.641  H18 D2I 43 
D2I H19 H19 H 0 1 N N N N N N -22.083 -29.416 23.557 -0.741 0.254  2.332  H19 D2I 44 
D2I H20 H20 H 0 1 N N N N N N -22.132 -32.164 20.984 -1.344 0.293  -1.902 H20 D2I 45 
D2I H21 H21 H 0 1 N N N N N N -21.046 -31.118 21.962 -0.754 -1.175 -1.087 H21 D2I 46 
D2I H22 H22 H 0 1 N N N N N N -23.254 -34.128 22.089 -2.269 -2.582 0.188  H22 D2I 47 
D2I H23 H23 H 0 1 N N N N N N -22.954 -35.958 23.718 -4.590 -3.349 0.487  H23 D2I 48 
D2I H24 H24 H 0 1 N N N N N N -21.276 -35.748 25.519 -6.457 -1.978 -0.348 H24 D2I 49 
D2I H25 H25 H 0 1 N N N N N N -19.913 -33.695 25.699 -6.003 0.161  -1.481 H25 D2I 50 
D2I H26 H26 H 0 1 N N N N N N -20.211 -31.863 24.069 -3.683 0.931  -1.773 H26 D2I 51 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
D2I C18 C17 SING N N 1  
D2I C19 C17 SING N N 2  
D2I C17 C20 SING N N 3  
D2I C17 O3  SING N N 4  
D2I O3  C16 SING N N 5  
D2I C16 O2  DOUB N N 6  
D2I C16 C2  SING N N 7  
D2I C3  C2  SING N N 8  
D2I C3  C4  SING N N 9  
D2I O1  C14 DOUB N N 10 
D2I C2  C1  SING N N 11 
D2I C7  C4  SING N N 12 
D2I C7  C8  SING N N 13 
D2I C4  C14 SING N N 14 
D2I C4  C5  SING N N 15 
D2I C14 O   SING N N 16 
D2I C9  C8  DOUB Y N 17 
D2I C9  C10 SING Y N 18 
D2I C8  C13 SING Y N 19 
D2I C1  O4  DOUB N N 20 
D2I C1  C6  SING N N 21 
D2I O   C15 SING N N 22 
D2I C5  C6  SING N N 23 
D2I C10 C11 DOUB Y N 24 
D2I C13 C12 DOUB Y N 25 
D2I C11 C12 SING Y N 26 
D2I C15 H1  SING N N 27 
D2I C15 H2  SING N N 28 
D2I C15 H3  SING N N 29 
D2I C3  H4  SING N N 30 
D2I C3  H5  SING N N 31 
D2I C2  H6  SING N N 32 
D2I C18 H7  SING N N 33 
D2I C18 H8  SING N N 34 
D2I C18 H9  SING N N 35 
D2I C19 H10 SING N N 36 
D2I C19 H11 SING N N 37 
D2I C19 H12 SING N N 38 
D2I C20 H13 SING N N 39 
D2I C20 H14 SING N N 40 
D2I C20 H15 SING N N 41 
D2I C6  H16 SING N N 42 
D2I C6  H17 SING N N 43 
D2I C5  H18 SING N N 44 
D2I C5  H19 SING N N 45 
D2I C7  H20 SING N N 46 
D2I C7  H21 SING N N 47 
D2I C9  H22 SING N N 48 
D2I C10 H23 SING N N 49 
D2I C11 H24 SING N N 50 
D2I C12 H25 SING N N 51 
D2I C13 H26 SING N N 52 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
D2I InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C20H26O5/c1-19(2,3)25-17(22)15-13-20(18(23)24-4,11-10-16(15)21)12-14-8-6-5-7-9-14/h5-9,15H,10-13H2,1-4H3/t15-,20+/m1/s1" 
D2I InChIKey         InChI                1.06  WAKMFGLCJLDCIS-QRWLVFNGSA-N                                                                                                        
D2I SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "COC(=O)[C@@]1(CCC(=O)[C@@H](C1)C(=O)OC(C)(C)C)Cc2ccccc2"                                                                          
D2I SMILES           CACTVS               3.385 "COC(=O)[C]1(CCC(=O)[CH](C1)C(=O)OC(C)(C)C)Cc2ccccc2"                                                                              
D2I SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(C)(C)OC(=O)[C@@H]1C[C@](CCC1=O)(Cc2ccccc2)C(=O)OC"                                                                             
D2I SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(C)(C)OC(=O)C1CC(CCC1=O)(Cc2ccccc2)C(=O)OC"                                                                                     
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           D2I 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "~{O}3-~{tert}-butyl ~{O}1-methyl (1~{R},3~{R})-4-oxidanylidene-1-(phenylmethyl)cyclohexane-1,3-dicarboxylate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
D2I "Create component" 2023-07-17 PDBE 
D2I "Initial release"  2024-07-24 RCSB 
D2I "Modify PCM"       2024-09-27 PDBE 
# 
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id                             1 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id                            D2I 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id                CYS 
_pdbx_chem_comp_pcm.type                               None 
_pdbx_chem_comp_pcm.category                           "Covalent chemical modification" 
_pdbx_chem_comp_pcm.position                           "Amino-acid side chain" 
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position               "Any position" 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom               C3 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom   SG 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession     ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession      ? 
# 
