data_Q1F
# 
_chem_comp.id                                    Q1F 
_chem_comp.name                                  "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C26 H36 F3 N8 O14 P2" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    1 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2022-05-31 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2022-09-16 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        803.552 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     Q1F 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8D0C 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
Q1F C11 C1  C 0 1 N N R 25.755 5.786  24.199 4.188   4.345  1.289  C11 Q1F 1  
Q1F O20 O1  O 0 1 N N N 32.392 4.712  26.948 -3.931  1.697  -3.592 O20 Q1F 2  
Q1F N26 N1  N 0 1 Y N N 30.596 6.467  33.061 -8.094  -1.097 0.671  N26 Q1F 3  
Q1F C01 C2  C 0 1 N N N 28.935 4.014  30.747 7.469   -1.132 4.164  C01 Q1F 4  
Q1F C02 C3  C 0 1 N N S 28.203 5.267  30.189 6.745   -1.326 2.830  C02 Q1F 5  
Q1F C03 C4  C 0 1 Y N N 27.753 5.067  28.771 5.851   -0.141 2.567  C03 Q1F 6  
Q1F C04 C5  C 0 1 Y N N 26.424 5.198  28.413 5.411   0.145  1.283  C04 Q1F 7  
Q1F C05 C6  C 0 1 Y N N 26.019 5.027  27.067 4.593   1.239  1.080  C05 Q1F 8  
Q1F C07 C7  C 0 1 N N R 26.495 4.536  24.705 3.361   3.159  1.833  C07 Q1F 9  
Q1F C09 C8  C 0 1 N N R 27.712 5.684  23.066 1.981   4.134  0.280  C09 Q1F 10 
Q1F C10 C9  C 0 1 N N S 26.550 6.255  22.980 3.258   5.002  0.244  C10 Q1F 11 
Q1F C14 C10 C 0 1 N N N 28.718 6.555  23.799 1.399   3.984  -1.128 C14 Q1F 12 
Q1F C22 C11 C 0 1 N N N 31.272 7.948  28.756 -4.418  -1.203 -2.138 C22 Q1F 13 
Q1F C23 C12 C 0 1 N N R 31.357 8.202  30.298 -4.969  -1.925 -0.907 C23 Q1F 14 
Q1F C25 C13 C 0 1 N N R 30.995 7.537  32.346 -6.899  -1.891 0.372  C25 Q1F 15 
Q1F C27 C14 C 0 1 Y N N 31.232 5.298  33.256 -8.421  0.107  0.122  C27 Q1F 16 
Q1F C29 C15 C 0 1 Y N N 29.314 5.202  34.343 -10.022 -0.381 1.501  C29 Q1F 17 
Q1F C30 C16 C 0 1 Y N N 29.410 6.416  33.718 -9.092  -1.433 1.551  C30 Q1F 18 
Q1F C32 C17 C 0 1 Y N N 27.331 7.042  34.555 -10.407 -2.498 3.106  C32 Q1F 19 
Q1F C34 C18 C 0 1 Y N N 28.134 4.954  35.099 -11.163 -0.465 2.317  C34 Q1F 20 
Q1F C36 C19 C 0 1 N N R 32.580 7.781  32.192 -7.191  -2.914 -0.755 C36 Q1F 21 
Q1F C37 C20 C 0 1 N N S 32.782 7.721  30.942 -5.781  -3.160 -1.344 C37 Q1F 22 
Q1F C42 C21 C 0 1 Y N N 28.240 4.588  26.442 4.625   1.763  3.323  C42 Q1F 23 
Q1F C43 C22 C 0 1 Y N N 28.703 4.759  27.749 5.445   0.686  3.603  C43 Q1F 24 
Q1F C45 C23 C 0 1 N N N 26.561 6.962  31.087 7.839   -2.597 1.062  C45 Q1F 25 
Q1F C47 C24 C 0 1 N N N 24.960 8.746  31.923 8.863   -3.958 -0.679 C47 Q1F 26 
Q1F C48 C25 C 0 1 N N N 23.844 8.970  30.937 9.957   -3.817 -1.740 C48 Q1F 27 
Q1F C53 C26 C 0 1 N N N 26.270 4.477  31.750 8.596   -0.309 1.424  C53 Q1F 28 
Q1F F49 F1  F 0 1 N N N 24.313 8.758  29.672 10.070  -5.013 -2.455 F49 Q1F 29 
Q1F F50 F2  F 0 1 N N N 22.813 8.094  31.179 9.625   -2.778 -2.616 F50 Q1F 30 
Q1F F51 F3  F 0 1 N N N 23.388 10.255 31.069 11.176  -3.529 -1.116 F51 Q1F 31 
Q1F N06 N2  N 1 1 Y N N 26.948 4.730  26.146 4.230   2.007  2.089  N06 Q1F 32 
Q1F N28 N3  N 0 1 Y N N 30.461 4.522  34.037 -9.552  0.525  0.610  N28 Q1F 33 
Q1F N31 N4  N 0 1 Y N N 28.404 7.321  33.838 -9.323  -2.462 2.360  N31 Q1F 34 
Q1F N33 N5  N 0 1 Y N N 27.181 5.876  35.174 -11.309 -1.534 3.093  N33 Q1F 35 
Q1F N35 N6  N 0 1 N N N 27.950 3.689  35.790 -12.113 0.541  2.310  N35 Q1F 36 
Q1F N44 N7  N 0 1 N N N 27.011 5.548  31.010 7.730   -1.444 1.752  N44 Q1F 37 
Q1F N46 N8  N 0 1 N N N 25.373 7.322  31.890 8.745   -2.705 0.071  N46 Q1F 38 
Q1F O08 O2  O 0 1 N N N 27.492 4.343  23.925 2.419   2.853  0.782  O08 Q1F 39 
Q1F O12 O3  O 0 1 N N N 24.479 5.430  23.878 4.494   5.265  2.339  O12 Q1F 40 
Q1F O13 O4  O 0 1 N N N 25.847 5.895  21.688 2.959   6.349  0.615  O13 Q1F 41 
Q1F O15 O5  O 0 1 N N N 29.969 5.879  23.678 0.196   3.215  -1.066 O15 Q1F 42 
Q1F O17 O6  O 0 1 N N N 32.573 5.668  23.963 -1.290  4.214  -2.991 O17 Q1F 43 
Q1F O18 O7  O 0 1 N N N 31.176 6.750  25.917 -1.888  1.877  -1.947 O18 Q1F 44 
Q1F O21 O8  O 0 1 N N N 31.651 6.614  28.549 -3.585  -0.119 -1.722 O21 Q1F 45 
Q1F O24 O9  O 0 1 N N N 30.486 7.453  30.937 -5.863  -1.057 -0.191 O24 Q1F 46 
Q1F O38 O10 O 0 1 N N N 33.819 8.683  30.504 -5.212  -4.352 -0.797 O38 Q1F 47 
Q1F O39 O11 O 0 1 N N N 32.866 9.180  32.658 -7.738  -4.121 -0.218 O39 Q1F 48 
Q1F O40 O12 O 0 1 N N N 33.572 6.947  26.800 -2.015  0.056  -3.691 O40 Q1F 49 
Q1F O41 O13 O 0 1 N N N 31.638 7.973  23.750 0.170   2.191  -3.373 O41 Q1F 50 
Q1F O52 O14 O 0 1 N N N 27.170 7.773  30.499 7.119   -3.538 1.335  O52 Q1F 51 
Q1F P16 P1  P 0 1 N N N 31.392 6.564  24.277 -0.684  2.859  -2.366 P16 Q1F 52 
Q1F P19 P2  P 0 1 N N N 32.269 6.230  27.040 -2.837  0.860  -2.758 P19 Q1F 53 
Q1F H1  H1  H 0 1 N N N 25.782 6.565  24.976 5.102   3.989  0.816  H1  Q1F 54 
Q1F H2  H2  H 0 1 N N N 33.291 4.478  26.750 -4.506  2.248  -3.043 H2  Q1F 55 
Q1F H3  H3  H 0 1 N N N 29.247 4.203  31.785 8.072   -0.224 4.121  H3  Q1F 56 
Q1F H4  H4  H 0 1 N N N 28.255 3.150  30.720 6.736   -1.043 4.966  H4  Q1F 57 
Q1F H5  H5  H 0 1 N N N 29.821 3.803  30.131 8.115   -1.988 4.355  H5  Q1F 58 
Q1F H6  H6  H 0 1 N N N 28.892 6.123  30.233 6.142   -2.233 2.873  H6  Q1F 59 
Q1F H7  H7  H 0 1 N N N 25.688 5.433  29.167 5.705   -0.480 0.453  H7  Q1F 60 
Q1F H8  H8  H 0 1 N N N 24.981 5.134  26.787 4.246   1.469  0.083  H8  Q1F 61 
Q1F H9  H9  H 0 1 N N N 25.790 3.692  24.679 2.837   3.447  2.743  H9  Q1F 62 
Q1F H10 H10 H 0 1 N N N 28.122 5.401  22.085 1.241   4.572  0.950  H10 Q1F 63 
Q1F H11 H11 H 0 1 N N N 26.636 7.350  23.031 3.714   4.970  -0.746 H11 Q1F 64 
Q1F H12 H12 H 0 1 N N N 28.773 7.551  23.336 1.179   4.970  -1.537 H12 Q1F 65 
Q1F H13 H13 H 0 1 N N N 28.438 6.658  24.858 2.122   3.478  -1.767 H13 Q1F 66 
Q1F H14 H14 H 0 1 N N N 31.955 8.624  28.222 -3.833  -1.901 -2.738 H14 Q1F 67 
Q1F H15 H15 H 0 1 N N N 30.244 8.110  28.401 -5.246  -0.818 -2.734 H15 Q1F 68 
Q1F H16 H16 H 0 1 N N N 31.231 9.277  30.497 -4.148  -2.229 -0.258 H16 Q1F 69 
Q1F H17 H17 H 0 1 N N N 30.583 8.454  32.793 -6.542  -2.398 1.268  H17 Q1F 70 
Q1F H18 H18 H 0 1 N N N 32.197 5.029  32.854 -7.828  0.635  -0.610 H18 Q1F 71 
Q1F H19 H19 H 0 1 N N N 26.551 7.784  34.641 -10.565 -3.349 3.752  H19 Q1F 72 
Q1F H20 H20 H 0 1 N N N 33.129 7.042  32.794 -7.858  -2.487 -1.504 H20 Q1F 73 
Q1F H21 H21 H 0 1 N N N 33.010 6.711  30.570 -5.827  -3.222 -2.431 H21 Q1F 74 
Q1F H22 H22 H 0 1 N N N 28.940 4.337  25.659 4.304   2.411  4.125  H22 Q1F 75 
Q1F H23 H23 H 0 1 N N N 29.753 4.661  27.981 5.765   0.491  4.616  H23 Q1F 76 
Q1F H24 H24 H 0 1 N N N 25.817 9.382  31.657 7.913   -4.182 -1.165 H24 Q1F 77 
Q1F H25 H25 H 0 1 N N N 24.612 9.003  32.934 9.122   -4.767 0.004  H25 Q1F 78 
Q1F H26 H26 H 0 1 N N N 25.421 4.923  32.289 9.548   -0.416 1.945  H26 Q1F 79 
Q1F H27 H27 H 0 1 N N N 25.897 3.728  31.035 8.771   -0.285 0.349  H27 Q1F 80 
Q1F H28 H28 H 0 1 N N N 26.947 3.993  32.469 8.114   0.618  1.735  H28 Q1F 81 
Q1F H29 H29 H 0 1 N N N 27.067 3.690  36.259 -11.996 1.315  1.738  H29 Q1F 82 
Q1F H30 H30 H 0 1 N N N 27.974 2.941  35.127 -12.897 0.471  2.878  H30 Q1F 83 
Q1F H31 H31 H 0 1 N N N 24.863 6.626  32.396 9.318   -1.954 -0.147 H31 Q1F 84 
Q1F H32 H32 H 0 1 N N N 24.022 5.146  24.661 5.011   6.030  2.053  H32 Q1F 85 
Q1F H33 H33 H 0 1 N N N 25.002 6.328  21.656 3.726   6.938  0.610  H33 Q1F 86 
Q1F H34 H34 H 0 1 N N N 33.234 6.167  23.498 -1.862  4.705  -2.385 H34 Q1F 87 
Q1F H35 H35 H 0 1 N N N 34.660 8.428  30.864 -5.683  -5.160 -1.040 H35 Q1F 88 
Q1F H36 H36 H 0 1 N N N 32.718 9.239  33.595 -7.937  -4.793 -0.885 H36 Q1F 89 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
Q1F O13 C10 SING N N 1  
Q1F C10 C09 SING N N 2  
Q1F C10 C11 SING N N 3  
Q1F C09 C14 SING N N 4  
Q1F C09 O08 SING N N 5  
Q1F O15 C14 SING N N 6  
Q1F O15 P16 SING N N 7  
Q1F O41 P16 DOUB N N 8  
Q1F O12 C11 SING N N 9  
Q1F O08 C07 SING N N 10 
Q1F O17 P16 SING N N 11 
Q1F C11 C07 SING N N 12 
Q1F P16 O18 SING N N 13 
Q1F C07 N06 SING N N 14 
Q1F O18 P19 SING N N 15 
Q1F N06 C42 DOUB Y N 16 
Q1F N06 C05 SING Y N 17 
Q1F C42 C43 SING Y N 18 
Q1F O40 P19 DOUB N N 19 
Q1F O20 P19 SING N N 20 
Q1F P19 O21 SING N N 21 
Q1F C05 C04 DOUB Y N 22 
Q1F C43 C03 DOUB Y N 23 
Q1F C04 C03 SING Y N 24 
Q1F O21 C22 SING N N 25 
Q1F C22 C23 SING N N 26 
Q1F C03 C02 SING N N 27 
Q1F F49 C48 SING N N 28 
Q1F C02 C01 SING N N 29 
Q1F C02 N44 SING N N 30 
Q1F C23 O24 SING N N 31 
Q1F C23 C37 SING N N 32 
Q1F O52 C45 DOUB N N 33 
Q1F O38 C37 SING N N 34 
Q1F O24 C25 SING N N 35 
Q1F C48 F51 SING N N 36 
Q1F C48 F50 SING N N 37 
Q1F C48 C47 SING N N 38 
Q1F C37 C36 SING N N 39 
Q1F N44 C45 SING N N 40 
Q1F N44 C53 SING N N 41 
Q1F C45 N46 SING N N 42 
Q1F N46 C47 SING N N 43 
Q1F C36 C25 SING N N 44 
Q1F C36 O39 SING N N 45 
Q1F C25 N26 SING N N 46 
Q1F N26 C27 SING Y N 47 
Q1F N26 C30 SING Y N 48 
Q1F C27 N28 DOUB Y N 49 
Q1F C30 N31 DOUB Y N 50 
Q1F C30 C29 SING Y N 51 
Q1F N31 C32 SING Y N 52 
Q1F N28 C29 SING Y N 53 
Q1F C29 C34 DOUB Y N 54 
Q1F C32 N33 DOUB Y N 55 
Q1F C34 N33 SING Y N 56 
Q1F C34 N35 SING N N 57 
Q1F C11 H1  SING N N 58 
Q1F O20 H2  SING N N 59 
Q1F C01 H3  SING N N 60 
Q1F C01 H4  SING N N 61 
Q1F C01 H5  SING N N 62 
Q1F C02 H6  SING N N 63 
Q1F C04 H7  SING N N 64 
Q1F C05 H8  SING N N 65 
Q1F C07 H9  SING N N 66 
Q1F C09 H10 SING N N 67 
Q1F C10 H11 SING N N 68 
Q1F C14 H12 SING N N 69 
Q1F C14 H13 SING N N 70 
Q1F C22 H14 SING N N 71 
Q1F C22 H15 SING N N 72 
Q1F C23 H16 SING N N 73 
Q1F C25 H17 SING N N 74 
Q1F C27 H18 SING N N 75 
Q1F C32 H19 SING N N 76 
Q1F C36 H20 SING N N 77 
Q1F C37 H21 SING N N 78 
Q1F C42 H22 SING N N 79 
Q1F C43 H23 SING N N 80 
Q1F C47 H24 SING N N 81 
Q1F C47 H25 SING N N 82 
Q1F C53 H26 SING N N 83 
Q1F C53 H27 SING N N 84 
Q1F C53 H28 SING N N 85 
Q1F N35 H29 SING N N 86 
Q1F N35 H30 SING N N 87 
Q1F N46 H31 SING N N 88 
Q1F O12 H32 SING N N 89 
Q1F O13 H33 SING N N 90 
Q1F O17 H34 SING N N 91 
Q1F O38 H35 SING N N 92 
Q1F O39 H36 SING N N 93 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
Q1F SMILES           ACDLabs              12.01 "FC(F)(F)CNC(=O)N(C)C(C)c1cc[n+](cc1)C1OC(COP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC2OC(n3cnc4c(N)ncnc43)C(O)C2O)C(O)C1O"                                                                                                                                                                                                                            
Q1F InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C26H35F3N8O14P2/c1-12(35(2)25(42)31-9-26(27,28)29)13-3-5-36(6-4-13)23-19(40)17(38)14(49-23)7-47-52(43,44)51-53(45,46)48-8-15-18(39)20(41)24(50-15)37-11-34-16-21(30)32-10-33-22(16)37/h3-6,10-12,14-15,17-20,23-24,38-41H,7-9H2,1-2H3,(H4-,30,31,32,33,42,43,44,45,46)/p+1/t12-,14+,15+,17+,18+,19+,20+,23+,24+/m0/s1" 
Q1F InChIKey         InChI                1.03  OVNSWUKLEAGZOQ-SGZOYAKRSA-O                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
Q1F SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "C[C@H](N(C)C(=O)NCC(F)(F)F)c1cc[n+](cc1)[C@@H]2O[C@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]3O[C@H]([C@H](O)[C@@H]3O)n4cnc5c(N)ncnc45)[C@@H](O)[C@H]2O"                                                                                                                                                                                 
Q1F SMILES           CACTVS               3.385 "C[CH](N(C)C(=O)NCC(F)(F)F)c1cc[n+](cc1)[CH]2O[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]3O[CH]([CH](O)[CH]3O)n4cnc5c(N)ncnc45)[CH](O)[CH]2O"                                                                                                                                                                                             
Q1F SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[C@@H](c1cc[n+](cc1)[C@H]2[C@@H]([C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@@H]3[C@H]([C@H]([C@@H](O3)n4cnc5c4ncnc5N)O)O)O)O)N(C)C(=O)NCC(F)(F)F"                                                                                                                                                                                 
Q1F SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(c1cc[n+](cc1)C2C(C(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(O)OCC3C(C(C(O3)n4cnc5c4ncnc5N)O)O)O)O)N(C)C(=O)NCC(F)(F)F"                                                                                                                                                                                                                          
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
Q1F "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-4-{(1S)-1-[N-methyl(2,2,2-trifluoroethyl)carbamamido]ethyl}pyridin-1-ium (non-preferred name)" 
Q1F "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-ium-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
Q1F "Create component" 2022-05-31 RCSB 
Q1F "Initial release"  2022-09-21 RCSB 
# 
